Varhany byly už ve století 18. – pozitiv, 1790 jej opravoval kutnohorský varhanář Horák. 1817 hrozilo zřícení kruchty, takže kruchta byla 1819 opravena a nové varhany postavil Jeroným Vrabec z Pravonína.
1843 se zřítil štít a mj.rozbil varhany. Už 1844 se jednalo o pořízení nových.
Píšťaly byly uloženy ve škole a korpus věži starého kostela.
Do nového kostela navrhli kolem 1855 varhany pražský Josef Gartner a novostrašecký Ferdinand Guth. Guth zde postavil 1manuálové varhany do r. 1858. Byly poměrně velké. 1869 opravoval varhany Václav Tuček z Kutné Hory.
V říjnu 1870 vichr shodil věž a zničil varhany.
Posléze se jevily jako malé a tak nové 2manuálové postavil 1875 kutnohorský Antonín Mölzer za 1512 zl. (Některé zdroje uvádí 1877, katastr uvádí 1876, ing. Čihař uvádí teprve rok 1890).
Zvláštností je, že pozitiv je umístěn přímo v zábradlí, což v té době už nebylo zcela běžné.
Varhany mají 14 rejstříků a mechanickou zásuvku.
(Dr. Tomáš Horák)
V kostele jsou instalovány dvoumanuálové mechanické varhany, výrobce Antonín Mölzer z Kutné Hory.
· Traktura mechanická
· Vzdušnice zásuvková
· 14 rejstříků
Antonín Mölzer st. (30. 4. 1839, Chotusice 8. 8. 1916, Kutná Hora)
Další varhany od něho: Kolín, Divišov, Křivsoudov, Velim, Vilémov, Chotýšany, Domažlice, Žleby, Pečky…
Další příbuzní varhanáři: 1. Melzer Josef – syn; 2. Mölzer Antonín ml. – syn; 3. Mölzer Václav Michael – bratr
Byly poháněny šlapáním, poslední desetiletí je vzduch vháněn elektromotorem s kompresorem. Varhany byly opravovány v roce 1991 Josefem Poukarem z České Třebové. Celková oprava varhan proběhla v roce 1999 a vykonal ji arcibiskupský organolog pan Petr Nožina ze Štěchovic. Náklad tehdy překročil 230.000,- Kč a podíleli se na něm farníci a obecní úřady.
Od vystavění kostela v Borovnici byli tito varhaníci:
Učitelé Prokeš, Čepek, Kučera a Forst. Prvním z varhaníků, kteří jsou v paměti, byl ve 30. letech pan František Ryšavý z Mnichovic, který ale zemřel ve svých 51 letech. Ve 30. letech hrál při mších svatých i pan František Jankovský (tkadlec) ze Chmelné 31 (zemřel 1935), a to na housle. Dlouholetým varhaníkem byl pan Karel Lebeda z Mnichovic (1905 – 1997), který sloužil borovnickému kostelu přes padesát let. Zpíval i na pohřbech, hrál v kapele a byl všestranně hudebně nadaný. Do Borovnice do pozdního věku dojížděl na malém motocyklu.
V 90. letech ho nahradili mladí varhaníci, z nichž nejdéle hrála Anna Nováková, provdaná Hrdinová. Po roce 2000 několik let obětavě dojížděl pan Stanislav Kubálek, varhaník z Křivsoudova. Od roku 2007 hraje na varhany Ludmila Holejšovská, střídá ji Veronika Martínková.
Vedení zpěvu patřilo po dlouhá léta rodu Klepáčů ze Chmelné. Zpěváky byli také pánové František Klepáč a Karel Filip. V 90. letech několik let sólově zpíval pan Jaroslav Turek z Vlašimi.
Karel Lebeda takto popisoval působení v Borovnici:
Já se 25. ledna dožívám požehnaného věku 87 roků. Od roku 1936 jsem dělal službu varhaníka, ke které mě ustanovil d. p. J. Dohnal. Po Dohnalovi v roce 1937 nastoupil d. p. František Pech, po něm v dubnu nastoupil d. p. Jan Pacík. Se všemi důstojnými pány faráři jsme se velmi dobře snášeli. Moje varhanická služba za 56 roků:
Pohřbů na farnosti borovnické 1936 – 1991 celkem 673 osob.
(Mnichovice 275, Borovnice 91, Kuňovice 93, Chmelná 88, Otročice 130 osob).
Na farnosti Zhoř od roku 1944 – 1991 bylo pohřbů 391 (Jeníkov 88, Nakvasovice 47, Dobříkovice 27, Zhoř 23, Horní Lhota 98, Palčice 23, Jelenov 19, Práchňany 27, Čáslavsko 39). Celkem 1064 pohřbů. Svateb bylo něco přes 150.
Mimo to, jako muzikant jsem chodil po okolí hrát na pohřbech, jelikož varhaníci, pokud byli zaměstnáni, se nemohli uvolnit. Bylo to: Pravonín, Zdislavice, Štěpánov, Soutice, Zdebuzeves, Kácov, Všebořice, Kralovice, Snět, Ježov, Bernartice, Keblov, Křivsoudov a Čechtice.